轨道交通学院设有1个一级学硕培养点：交通运输工程，1个专硕培养点：交通运输类(轨道交通运输、道路交通运输)；7个二级培养方向：道路与铁道工程、交通信息工程及控制、交通运输规划与管理、载运工具运用工程、交通能源与环境、车辆工程、模式识别与智能系统。

学院现有硕士点学科与依托建设的学系之间的关系如下图所示。