2024年1月4日，来自www.优德88.cpm 生物医学研究院的周芳芳教授团队与浙江大学张龙教授团队在《Nature Communications》合作发表了题为：TRIM28-mediated nucleocapsid protein SUMOylation enhances SARS-CoV-2 virulence的合作研究论文。文中证明了SARS-CoV-2核衣壳蛋白（SARS2-NP）在65位赖氨酸残基上被小泛素化修饰（SUMOylation），从而有效地增强核衣壳蛋白在寡聚化、RNA结合、液-液相分离（LLPS）方面的能力。导致宿主先天抗病毒免疫反应被强烈抑制。机制上，这些作用主要通过SUMO修饰与核衣壳蛋白中新发现的SUMO相互作用基序之间的分子间结合来实现。重要的是，文中发现广泛分布的核衣壳蛋白R203K突变获得了一个新的SUMO修饰位点，这进一步增加了核衣壳蛋白的液-液相分离和免疫抑制作用。此外，文中还发现SUMO修饰连接酶TRIM28负责催化核衣壳蛋白的小泛素化修饰。据此，文中筛选出靶向TRIM28和核衣壳蛋白相互作用的干扰肽，以阻断核衣壳蛋白的SUMO化修饰和液-液相分离，从而挽救宿主先天抗病毒免疫和抑制SARS-CoV-2复制。本研究提供了一种新的拮抗SARS-CoV-2的策略。
受到《Small》期刊的邀请，周芳芳教授团队与浙江大学杨兵研究员团队合作发表了题为：Capturing Protein-Protein Interactions with Acidic Amino Acids Reactive Cross-Linkers的合作研究，进一步发开了新型交联剂用于与赖氨酸侧链快速反应，随后以邻近增强的方式与Asp和Glu侧链反应。该交联反应在中性pH和室温下进行，不需要偶联剂。该研究还使用模型蛋白质（从小型单体蛋白质到大型蛋白质复合物）证明了交联的效率和稳健性。 实验数据表明这种类型的交联剂可以有效地识别涉及酸性结构域的蛋白质-蛋白质相互作用。p53的交联质谱(XL-MS)研究鉴定出p53 C末端结构域的87个假定结合物。 其中，SARNP、ZRAB2和WBP11被证明可以调节p53靶基因的表达和可变剪接。 因此，这些羧酸反应性交联剂将进一步扩展XL-MS在蛋白质结构和蛋白质-蛋白质相互作用分析中的能力。
近年来，大规模组学研究产生了大量基于质谱的蛋白质组学数据，极大地丰富了对疾病生物学的理解。然而，缺乏便捷的分析工具来促进这些数据的再利用。为了解决这一挑战，周芳芳教授团队以共同通讯作者在《Molecular Cellular Proteomics》在线发表了题为iProPhos: a web-based interactive platform for integrated proteome and phosphoproteome analysis的研究论文，文中开发了iProPhos，一个交互式分析蛋白质组学和磷酸化蛋白质组学的平台。iProPhos集成了大量样本，包括来自临床蛋白质组肿瘤分析联盟（CPTAC）的1,444个肿瘤样本和746个正常样本，涵盖了12种癌症类型。更重要的是，用户还可以通过上传自己的蛋白质组/磷酸蛋白质组数据进行分析和可视化研究。在iProPhos中，用户可以进行差异表达，患者生存、临床特征相关和相关性分析，包括蛋白质-蛋白质、mRNA-蛋白质和激酶-底物的相关性。用户还可以进行功能富集、蛋白质-蛋白质相互作用网络和激酶-底物富集分析。iProPhos以交互式图形和表格的形式展示分析结果，并提供了多种可供选择的参数。可以预见，iProPhos将使科研人员能够更有效地利用癌症蛋白质组学的大数据价值，对加速癌症研究和治疗进展具有重要意义。
去泛素化酶(DUBs)通过从底物中去除翻译后修饰的泛素来维持细胞泛素组的相对稳态。DUBs的失调会破坏泛素组的动态平衡，引起各种疾病，特别是癌症和免疫系统疾病。近期我院周芳芳教授团队以共同通讯作者在《Advanced Science》杂志在线发表了题为：Deubiquitylating Enzymes in Cancer and Immunity的综述文章，本综述重点讨论了去泛素化酶在癌症和免疫系统疾病中的重要调控作用。文中总结了本文综述了DUB在癌症中的双重作用，包括蛋白酶体降解、DNA修复、细胞凋亡和肿瘤转移，以及涉及先天免疫受体信号、炎症和自身免疫性疾病的多种调控作用。并进一步讨论和展望了DUB抑制剂临床开发的前景和面临的挑战。
