工程中心设有工程化研发部、市场开发部、产业制造部，分工明确。

工程化研发部：下设“数码激光装备与应用”、“光刻与系统软件”、“先进光学制造研发”和“衍射器件与新型显示”等研发方向，主要承担工程化研发、针对市场需求的技术集成创新、与行业发展需要的新技术、新工艺、新装备的研制与开发。同时承担211工程的研发平台建设和高层人才培养任务。

市场开发部：主要承担成果的市场开发和产品销售、建立销售网络、分析行业需要、了解和发现行业的发展动向，为成果转化和产品应用提供市场反馈信息。

产业制造部：对成熟工程化成果进行产业化，建立中试生产线，条件成熟后，扩大产业规模，或与下游行业进行资源整合，成立规模型的新公司，作为产业化基地。